БИОЛОГИЯ МОРЯ, 2019, том 45, № 6, с. 384-391 |
Транспозоны морского ежа Strongylocentrotus intermedius А. Agassiz, 1863: in silico versus in vitro 1Дальневосточный федеральный университет, Владивосток 690950, Россия; E-mail: ; Данные о прочитанном геноме пурпурного морского ежа Strongylocentrotus purpuratus были использованы для выявления транспозонов (TE, transposable elements) и проверки наличия некоторых из них в геноме серого морского ежа S. intermedius. Для дизайна праймеров и выявления соответствующих ТЕ в транскриптоме S. intermedius использованы известные TE S. purpuratus, содержащиеся в базе данных повторов RepBase. Обладающие наибольшим покрытием последовательности ТЕ из транскриптома серого морского ежа собраны на основании сравнения с аннотированными ТЕ генома пурпурного морского ежа. За рамками анализа остались ТЕ, представленные недостаточным количеством ридов (случайных фрагментов) в транскриптоме. Сделан вывод, что подход продуктивен: с помощью рассчитанных праймеров из 100 собранных ТЕ серого морского ежа удалось доказать наличие 92 ТЕ в геномной ДНК S. intermedius. Рассчитанные с помощью методов биоинформатики последовательности ТЕ присутствуют в геноме серого морского ежа и могут быть применены в дальнейшей работе. Ключевые слова: повторяющаяся ДНК, транспозоны, транскриптом, серый морской еж Strongylocentrotus intermedius, пурпурный морской еж Strongylocentrotus purpuratus. |
|
|