БИОЛОГИЯ МОРЯ, 2019, том 45, № 6, с. 384-391

Транспозоны морского ежа Strongylocentrotus intermedius А. Agassiz, 1863: in silico versus in vitro

© Е. Е. Лебедев1, Д. И. Остромышенский1, 2, А. И. Соловьева2, А. C. Tуренко4, А. Л. Дроздов1, 5, О. И. Подгорная1, 2, 3, Л. С. Адонин1, 2

1Дальневосточный федеральный университет, Владивосток 690950, Россия;
2Институт цитологии РАН, Санкт-Петербург 194064, Россия;
3Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург 199034, Россия;
4Лаборатория "Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского" Санкт-Петербургского государственного университета, Санкт-Петербург 199178, Россия;
5Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского ДВО РАН, Владивосток 690041, Россия

Данные о прочитанном геноме пурпурного морского ежа Strongylocentrotus purpuratus были использованы для выявления транспозонов (TE, transposable elements) и проверки наличия некоторых из них в геноме серого морского ежа S. intermedius. Для дизайна праймеров и выявления соответствующих ТЕ в транскриптоме S. intermedius использованы известные TE S. purpuratus, содержащиеся в базе данных повторов RepBase. Обладающие наибольшим покрытием последовательности ТЕ из транскриптома серого морского ежа собраны на основании сравнения с аннотированными ТЕ генома пурпурного морского ежа. За рамками анализа остались ТЕ, представленные недостаточным количеством ридов (случайных фрагментов) в транскриптоме. Сделан вывод, что подход продуктивен: с помощью рассчитанных праймеров из 100 собранных ТЕ серого морского ежа удалось доказать наличие 92 ТЕ в геномной ДНК S. intermedius. Рассчитанные с помощью методов биоинформатики последовательности ТЕ присутствуют в геноме серого морского ежа и могут быть применены в дальнейшей работе.

Ключевые слова: повторяющаяся ДНК, транспозоны, транскриптом, серый морской еж Strongylocentrotus intermedius, пурпурный морской еж Strongylocentrotus purpuratus.